En los procesos de  restauración del agua, la acción microbiana cumple el papel principal en la síntesis y reducción de los parámetros contaminantes.

No obstante, es indispensable entender que, para un desarrollo microbiano eficiente, es necesario contar con un medio de propagación óptimo, basado en una correcta

aireación (en el caso de los microorganismos aerobios), suficiente disponibilidad de nutrientes y condiciones óptimas de temperatura, salinidad y pH. A partir de allí, se asegura la estimulación de las poblaciones.

Naturalmente, el agua contiene microorganismos de todo tipo, cuyas funciones determinan las reacciones químicas. Sin embargo, dependiendo de las unidades formadoras de colonia (número de células por unidad de medida -UFC) y de los ciclos de vida de cada una de las especies, varía el tiempo en el que se lleva a cabo los procesos de depuración de los agentes contaminantes. En muchos casos, estos procesos pueden tardar semanas e incluso meses.